Ochrona gatunkowa ma na celu zapewnienie przetrwania i właściwego stanu ochrony dziko występujących na terenie kraju lub innych państw członkowskich Unii Europejskiej rzadkich, endemicznych, podatnych na zagrożenia i zagrożonych wyginięciem oraz objętych ochroną na podstawie przepisów umów międzynarodowych, których Rzeczpospolita Polska jest stroną, gatunków roślin, zwierząt i grzybów oraz ich siedlisk i ostoi, a także zachowanie różnorodności gatunkowej i genetycznej.

W celu ochrony ostoi i stanowisk roślin lub grzybów objętych ochroną gatunkową lub ostoi, miejsc rozrodu i regularnego przebywania zwierząt objętych ochroną gatunkową mogą być ustalane strefy ochrony.

Pełna lista gatunków chronionych i rzadkich, występujących na terenie Nadleśnictwa Niedźwiady nie jest znana, ze względu na brak specjalistycznych opracowań florystycznych i faunistycznych, obejmujących całą powierzchnię Nadleśnictwa. W ramach ochrony gatunkowej możemy wyróżnić:

rośliny chronione, gdzie na gruntach Nadleśnictwa Niedźwiady stwierdzono stanowiska 54 gatunków (53 rośliny, 1 grzyb) objętych prawną ochroną, w tym: 7 – ścisłą, 47 – częściową,

zwierzęta chronione, z czego na terenie Nadleśnictwa Niedźwiady stwierdzono występowanie 125 gatunków zwierząt objętych prawną ochroną, w tym: 6 bezkręgowców, 11 płazów, 5 gadów, 84 ptaków i 19 ssaków,

strefy ochrony,  w wyniku czego na terenie nadleśnictwa ustalono trzy strefy ochronne bielika i cztery strefy ochronne sóweczki.

Oto niektóre z wielu gatunków roślin i zwierząt chronionych na terenie Nadleśnictwa Niedźwiady: wawrzynek wilczełyko, rosiczka okrągłolistna, kukułka krwista żółtawa, bażyna czarna, bagno zwyczajne, kukułka szerokolistna, widłak jałowcowaty, bielik, sóweczka, żuraw, bóbr europejski, wydra, kumak nizinny, zalotka większa, zalotka spłaszczona, poczwarówka zwężona, i wiele innych.